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乙酸钠作为碳源时其反硝化速率要远高于甲醇和淀粉。其主要原因在于,乙酸钠为低分子有机酸盐,容易被微生物利用。而淀粉等高分子的糖类物质需转化成乙酸、甲酸、丙酸等低分子有机酸等较易降解的有机物,然后才被利用;甲醇虽然是快速易生物降解的有机物,但甲醇要转化成乙酸等低分子有机酸才能被微生物利用,所以出现了利用乙酸钠作为碳源比用淀粉、甲醇进行反硝化速度快很多的现象 。
同时,甲醇作为一种易燃易爆的危险品,当采用甲醇作为外加碳源时,其加药间本身具有一定的火灾危险性。当甲醇储罐发生火灾时,易导致储罐破裂或发生突沸,使液体外溢发生连续性火灾,危及范围较大,因此甲醇加药间对周边环境要求一定的距离。同时由于其挥发蒸汽与空气混合易形成性气体混合物,故其范围内的电力装置均须采用特殊设计。

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