circRNA pull down技术服务

circrna pull down技术原理
目前，circrna pull down技术绝大部分是基于接口序列设计探针捕获circrna及其结合蛋白。由于受限于接口处序列特征，很多circrna无法设计出理想的探针，最终导致实验失败。 我司开发了一种新型的circrna pull down方法，通过构建circrna过表达载体，使circrna连上一段16nt的短rna序列标签（命名为f2），该标签与其特异性配体具有很强的亲和力，因此可利用该系统高效调取靶rna序列及其结合蛋白。最终通过western blot或lc-ms/ms实验检测洗脱液中靶rna的潜在结合蛋白，还可通过qpcr实验检测能够结合靶circrna的mirna。
凭借10多年的 rna 研究经验，辉骏生物已掌握先进的 circrna pull-down 技术，帮助您识别 mirna/rbp 和 circrna 之间的相互作用。每个项目都是完全定制的，以满足您的科学需求，我们经验丰富的团队可以为任何个人要求提供灵活的解决方案，以更快的周转时间和更低的价格向客户保证最可靠和最有效的研究服务。如果您对circrna pull-down有任何实验问题，请随时与我们联系！
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circrna pull-down技术实验流程
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应用领域
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circrna pull down应用背景
环状rna（circrna）是单链共价闭合的rna分子，广泛存在于各物种中。据抱到，circrna可作为转录调控因子、microrna海绵和蛋白翻译模板发挥生物学功能，
除此之外，circrna还可以结合蛋白质来发挥作用，如：
1
与两种蛋白均相互作用，促进或解离它们之间的相互作用。
2
与一种蛋白相互作用，促进或解离其与另一种蛋白的相互作用。
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与一种蛋白（如转录因子或酶）相互作用，促进或抑制其与靶dna序列的结合。
4
与一种蛋白（如调控mrna剪接、稳定和翻译的rna结合蛋白）相互作用，促进或抑制其与其他rna的结合。
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与一种蛋白相互作用，影响它的胞内运输和定位（如核质转运等），进而影响该蛋白的功能。
以上这些作用模式又不是相互独立的，而是可能存在重叠。
由于蛋白质是几乎所有生命活动的直接效应分子，因此研究circrna与蛋白的相互作用极大地拓展了我们对circrna功能的认知。
circrna pull down研究案例-客户文章解析
circrna pull down研究案例
circrhot1通过激活nr2f6促进肝细胞癌进程
研究背景
利用在线数据库对肝细胞癌(hcc)组织和癌旁组织的circrna表达水平分析显示，circrhot1是在hcc中上调很明显的一种保守性的circrna，因此作者以circrhot1为对象研究了其在hcc中的作用机制。
研究路线
1
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northern印迹、qrt-pcr、原位杂交等实验确认了circrhot1在hcc组织中高表达
体内和体外实验证明circrhot1促进hcc增殖、迁移和侵袭
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rna-seq等技术分析了circrhot1缺失后的差异表达基因，其中nr2f6下调最多
chirp实验发现circrhot1富集在nr2f6启动子转录起始位点
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chip-qpcr等实验显示敲除circrhot1影响了nr2f6启动子转录起始位点组蛋白修饰，且rna聚合酶ii不能再结合该启动子，circrhot1促进nr2f6转录
cicrrna pull down结合质谱实验发现tp60是circrhot1的潜在结台蛋白, cicrrna pull down wb、 rip-qpcr等实验确定了这一结果
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chip和基因表达实验表明circrhot1对pip60介导的nr2f6表达至关重要
表达和功能检测发现nr2f6在肿瘤组织中上调，且促进hcc增殖、迁移和侵袭，circrhot1通过激活nr2f6促进hcc进程
研究结论
circrhot1通过募集tip60蛋白到nr2f6启动子来促进其表达，进而促进hcc进程。circrhot1和nr2f6是hcc预后的潜在生物标志物，但由于在hcc患者中抑制circrhot1较为困难，因此药理学上抑制nr2f6可能更有希望。
客户文献
wang l.y. circular rna circrhot1 promotes hepatocellular carcinoma progression by initiation of nr2f6 expression. molecular cancer. 2019. (if= 27.401).