三代测序的原理

一、测序原理先介绍 nanopore 测序中的几位主角：
reader ：在自然界中，有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白，具有**的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后，得到的就是 nanopore 测序所需的 reader 蛋白。
membrane：reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 membrane （人工合成的多聚物膜），膜两侧是离子溶液，在两侧加不同的电位，离子就会在孔中流动，形成电流。
motor：在 nanopore 文库构建时，需要在接头上连接一种动力蛋白，用于将dna或rna分子推入纳米孔中。以dna解螺旋酶作为 motor（动力蛋白）为例，它可以除了可以解开双螺旋，使之变为单链，还可以提供推动力。
tether：该蛋白用于锚定dna或rna链，防止在溶液中飘动，并使其进入纳米孔中。
这时，解开的其中一条链会穿过蛋白质孔，它在通过蛋白孔时，会对膜两边离子的稳定流动产生扰动。不同的碱基，对离子流的影响不同，也就会产生不同的电流大小，进而形成下面的电流信号图。
利用这些电流信号，使用计算机软件识别后，推断出碱基类型，完成测序。
二、测序仪介绍虽然 nanopore 测序仪种类很多，但都是基于nanopore芯片来搭建的平台，大到由多个芯片阵列组成的promehion，gridion系列测序仪，小到可以连接手机的type c，电脑usb的mnion系列便携式测序仪。
这里边，较*的就是mnion系列，2016年8月，美国宇航员凯特·鲁宾斯在**空间站完成微重力条件的dna测序。
它在测序时，一般像下图这样连接就行，显而易见的便携性。比如，可以直接用它在深入疫区采集样本后进行实时分析，为防疫工作争取大量宝贵的时间和资源。
测序时，将制备好的文库或样本溶液，滴在芯片小孔中，开始测序。
一张芯片中有 2048 个 membrane wells，也就是芯片上的一个孔，每个孔包含一个nanopore reader。
每四个 wells 共享一个 amplifier（信号放大器），一张芯片中有 512 个信号放大器，也就是 512 组 wells。
在启动测序仪后，机器自检，会将每组 wells 中依据效率高低排序。测序开始，仪器先用每组 wells 中效率较高的 wells，运行 8 小时后，更换效率*二的，以此类推。
但是，在实际使用过程中，只有 1200 个 wells可以正常工作。
造成 wells 失效的原因：
wells 中没有 reader 蛋白，或纳米孔不通，这时无电信号
膜破损，这时有强电信号，不能正常测序
在单个 well 中有两个及以上的 reader 蛋白，电信号互相干扰
三、建库方法1、1d 文库1d文库是将dna双链，解链为正义链与反义链，分别测序，大约有 85% 的碱基判读准确率。
目前1d文库有两种建库方案：
标准建库
将 dna 打断
补齐dna末端，末端加 a 碱基
连接 adapter（ 接头序列），接头上连有 motor 蛋白
接头中有一段序列可以与 tether 蛋白结合，作用是为了将 dna 链吸附在膜上，将 dna 锚定，不易被溶液洗走
下图是 tether 与接头序列识别及锚定过程
转座酶建库
建库时使用连有测序接头的转座酶，该酶可以将长链 dna 链切断
由于该酶的特性，会在dna的断点两端加接头序列
随后在测序接头加入 motor 蛋白
2、 文库在 dna 两侧接 接头，其他步骤和 1d 文库类似。
这种文库中的 接头，可以让*二链紧跟**链来一起测序。
由于可以测到两条链，可以相互矫正，进而提高判读准确率，能达到 90%以上的碱基判读准确率。
但是，由于文库质量，蛋白活性等因素，导致并不是所有的**链后都会测到*二链。
四、碱基判读在测序过程中，得到的信号并不是每次测得一个碱基信号。而是根据 reader 蛋白孔的纵向长度，r9 大约为 5 个碱基长，也就是说，同时会测得 5 个碱基的电信号，这并不是一项简单的判断过程。
目前，nanopore 公司采用一种机器学习方法，递归神经网络（rnn），对碱基进行判读。
该过程简单来说，是将已知碱基序列的电信号波形图做训练集和测试集，通过修正参数，拿到模型。最后，将新测到的未知序列的波形图与之比对，从而提高判读准确率。
但是，还是有误读情况：
由于空间结构相似性，嘌呤间误读，嘧啶间误读较容易发生。
碱基复杂度低的序列（如，polya序列），较容易误读
五、测序影响因素电压以r9芯片为例，测序过程，先用 180 mv 电压，每 10 min，短时间翻转电压方向，作用是激活被堵住或卡住的 reader 蛋白孔。但是，这个过程也会使正常测序的 dan链倒吐回去。
随着电极使用时间的增加，电极的电压会发生漂移，因此每过两小时，要增加 5mv 电压抵消影响。
速度与产量r9 芯片，测序速度是 250 碱基/s，一张芯片可以得到约 5 ~ 10 g的碱基序列。
北京立博泰业科技有限公司专注于离心机,三代测序,纯水仪,正倒置一体研究级显微镜等