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根据不同的杂交实验要求，应选择不同的核酸探针。在大多数情况下，可以选择克0隆的dna或cdna双链探针。但是在有些情况下，必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和rna探针。例如，在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的dna单链探针（通过克0隆人m13噬菌体dna获得）或rna探针，ish，寡核苷酸探针也可。长的双链dna探针特异性较强，适宜检测复杂的靶核苷酸序列和病原体 ，但不适宜于组织原位杂交，因为它不易透过细胞膜进入胞内或核内。在这种情况下，寡核苷酸探针和短的pcr标记探针（80～150bp）具有较大的优越性。
杂交液中的阳离子浓度通过静电排斥作用影响了杂交体之间的链稳定性，较高的盐浓度将增加杂交体的稳定性。大于0.4m的na离子浓度，对tm值、双链复性速率的影响不大，但随着na离子浓度的降低，将显著影响tm值和双链复性速率。
有2机溶2剂（甲酰胺）的作用是降低dna-dna和dna-rna等双链体的解链温度。通常dna需要在0.1~0.2m na 90~100℃的条件下变性，那么应用于原位杂交，样品必须在65~75℃的条件下进行长时间变性，这将导致样品形态学的*。50%甲酰胺的应用能将杂交温度降至30~45℃。
*葡聚糖具有很强的水合性，高浓度的*葡聚糖会使得核酸分子无法获得周边亲水环境，增加了探针浓度，加快杂交反应速率。
原位杂交是指；分子杂交的一种形式。由未经抽提分离的染色体dna，在原来位置上被变性成单链后，与探针进行分子杂交。1977年由本顿(w.d.be*n)和戴维斯(r.w.d*is)在原分子杂交基础上发展的一种较新的分子杂交技术。方法是将菌落或噬菌斑转移到硝9酸纤维素滤膜上，使在原位发生溶菌后变性的dna，同滤膜原位结合，再与有放5射性同位素标记的特定核苷酸“探针”杂交，其结果可用放5射自显影来显示，出现银粒的地方便是待测染色体dna上与探针互补顺序所在的位置。对快速检测转化群落中的dna序列或任何一种插入的dna序列，以及动植物的*定位工作，都具有广泛应用价值。(见“分子杂交”、“放5射自显影”、“影印培养技术”)
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